鄂托克旗蒙医综合医院建于1977年，是一所集蒙医科研、教学、医疗、康复保健于一体的国家二级甲等蒙医综合医院；自治区示范蒙医院、鄂尔多斯市蒙医胃肠病治疗研究中心、鄂尔多斯市蒙医传统骨伤治疗研究中心，国家中医药管理局全面提升县级医院综合能力第二阶段500家县级中医医院之一，有3个自治区重点专科，2个市级重点专科。

医院占地面积12829.03 ㎡，编制床位150张，实际开放床位120张，临床科室14个，辅助科室9个，职能科室9个。配备有核磁共振、螺旋CT机、数字X光机（DR）、C型臂、彩色B超、碎石机、数字胃肠镜、胶囊式内窥镜、腹腔镜、现代化配套制剂设备、中心供氧、中央心电监护系统、血液透析、医学检验等大型医疗设备及现代化医院信息系统。

蒙医药治疗肝胆病、风湿病、胃肠病、皮肤病、肾病及疑难病症均有显著疗效，尤其开展整骨、震脑、推拿、按摩、针灸、放血、药浴、拨火罐等蒙医特色疗法及应用酸马奶治疗肺病、胃病、高血压、高血脂等疾病深得好评。

《外固定架固定各种骨折》、《白内障手术》、《痔疮微创手术》、《双膝关节置换术》、《超声引导下介入治疗》、《胆囊腹腔镜切除术》等等手术及疗法引领旗县级医院，拥有颇多国家级发明、实用性专利及科技计划项目，积极创新。