巴彦淖尔市蒙医医院（巴彦淖尔市蒙医药研究所）始建于1961年，1984年由巴彦淖尔盟中蒙医药研究所和巴彦淖尔盟中蒙医院蒙医科合并成立巴彦淖尔盟蒙医医院（巴彦淖尔盟蒙医药研究所）；2004年巴彦淖尔盟撤盟设市更名为巴彦淖尔市蒙医医院（巴彦淖尔市蒙医药研究所）,是内蒙古民族大学实践教学基地、巴彦淖尔市蒙医药适宜技术推广临床培训基地，现已发展成为集医疗、康复、预防、保健、科研、教学、养生于一体，具有鲜明特色的蒙医综合医院。

医院占地面积21亩，主楼建筑面积8698平米，其中蒙药制剂中心1014平米。编制床位150张，实际开放床位120张。现有在职职工69人，聘用人员64人，其中高级职称29人，中级职称16人，本科以上学历86人，蒙医药专业技术人员87人。

医院设有：内科、心身医学科、传统内疗科、整骨康复科、皮肤病科、甲状腺科、针灸科、名医传承工作室以及内科、外科、妇科、儿科、肛肠科等临床科室。